Stage Analyse Intégrée Multi-Omique des Flux d'Antibiorésistance dans les Step Corrélation des Données Chimiques Microbiologiques et Génomiques H/F

Description de l'offre

Description

Le stage est à pourvoir au sein de l'équipe Monitoring et Caractérisation Biologique (MCB) Titre du stage : Analyse du rôle des STEP dans les flux d'antibiorésistance à l'échelle des bassins versants Dans le contexte marqué par l'urgence de lutter contre l'antibiorésistance (AR), de nouvelles exigences européennes imposent une surveillance des STEP >100 000 EH au regard de leur qualification comme points chauds de convergence des eaux usées chargées en bactéries résistantes, bactéries pathogènes et en résidus d'antibiotiques. Le/la stagiaire aura pour mission de développer une stratégie d'exploitation des données existantes (chimie, microbiologie, génomique) pour analyser le rôle des STEP dans les flux d'antibiorésistance à l'échelle des bassins versants et identifier les facteurs déterminants de cette propagation.. L'objectif est de compiler et structurer ces données hétérogènes, puis d'établir des corrélations entre les paramètres opérationnels et les données biologiques pour identifier les facteurs clés influençant les flux d'antibiorésistance. Missions principales : - Recherche bibliographique : Réaliser une revue de la littérature sur l'antibiorésistance dans les STEP et les bassins versants, la gestion des données (format, métrique en lien avec la réglementation européenne) - Compilation et structuration des données : Collecter, organiser et harmoniser les données existantes (chimie, microbiologie, génomique) et leurs métadonnées associées - Analyse de corrélations : Corréler les données de séquençage avec les analyses chimiques et microbiologiques pour identifier les relations entre paramètres et comprendre les mécanismes de transfert horizontal de gènes - Valorisation des résultats : Développer des visualisations et synthèses permettant d'interpréter le rôle des STEP dans les flux d'antibiorésistance à l'échelle des bassins versants

Date de début

30 oct., 2025

Profil

Formation : Etudiant(e) en Bac +4/5 (Master 1 ou 2) en biotechnologie, Bioinformatique, Data Science, Data Management Vos compétences : - Compétences en analyse de données et programmation (Python, R) - Connaissances en microbiologie et/ou génomique appréciées - Capacités d'analyse bibliographique et de synthèse - Visualisation de données : Looker Studio, Tableau - Familiarité avec les formats de données courants en biologie (fastq, pcrd, images, tables, texte, etc.) Vos qualités, votre savoir-être : Communication : Bonne expression orale et écrite en français Culture sécurité, rigueur, capacité à travailler en équipe, dynamisme, bon esprit de synthèse, force de proposition / prise d'initiative, sens de l'organisation

Répartition du temps de travail

Full time

Formation

RJ/Qualif/Agent_maitrise_B3

Secteur

Energie_envir