Bioinformaticien(ne) - CDI (H/F)

Description de l'offre

Gustave Roussy, premier centre de lutte contre le cancer en Europe, est un établissement de santé privé participant au service public hospitalier. Pôle d'expertise global contre le cancer entièrement dédié aux patients, il réunit sur deux sites près de 3 000 professionnels dont les missions sont le soin, la recherche et l'enseignement. Dans le cadre de notre politique volontariste en faveur de l'insertion des personnes en situation de handicap, toutes les candidatures reçues sont étudiées à compétences égales. L'Institut de Cancérologie Gustave-Roussy, recherche un (e) : Bioinformaticien(ne) responsable de l'activité Bioinformatique de production des données génomiques clinique Implanté dans le service de génétique des tumeurs, vous travaillerez en lien avec la plateforme de recherche translationnelle (AMMICa) et la plateforme bioinformatique recherche. Les activités de bioinformatiques couvrent la production des données des secteurs de génétique constitutionnelle, de génétique des tumeurs solides, d'oncohématologie, de cytogénétique moléculaire et de recherche clinique. Vous êtes responsable de deux bioinformaticiens en charge du maintien des pipelines d'analyses et du développement des outils. Vous interagissez directement avec la plateforme bioformatique recherche pour le développement de nouveaux outils en fonction des demandes des praticiens. Vos principales missions consisteront à -Coordonner la mise en production des pipelines développé par la plateforme de bioinformatique vers un contexte clinique -Veiller à l'adéquation des ressources serveurs avec les besoins d'analyse et de stockage -Maintenir et faire évoluer le système en place en interaction directe avec les praticiens biologistes -traitement bioinformatique et statistique des données générées par le séquenceur (MiSeq/S5/NexSeq/NovaSeq) -QC, tracabilité, résultats, visualisation -Adéquation du système avec les exigences des bonnes pratiques de développement et la norme ISO15189 du laboratoire de biologie * S'impliquer dans le développement et l'alimentation des bases de données génomiques en lien avec le projet institutionnel appelé « ODIN » -Etre garant de la bonne réalisation de l'analyse des données génomiques : -Réceptionner et structurer les données moléculaires provenant des différents projets -Mettre en place et gérer les bases données de variants -Rendre les résultats dans le temps impartis aux différents acteurs impliqués dans le processus -Maintenir à jour / Développer les méthodes protocoles logiciels selon les bonnes pratiques du domaine -Recueillir les besoins des biologistes et proposer des réponses adaptées quant à l'annotation, l'aide à l'interprétation des données et les évolutions possibles des pipelines et de leur transversalité * Réaliser une veille technologique et scientifique -Participer à des groupes de travail nationaux et/ou internationaux. Formation : Bac+5 en Bioinformatique (Master ou Ecole d'Ingénieur) Aptitudes : - Maitrise des principaux outils dédiés à la recherche de variants génomique - Bon niveau de programmation dans un language de scripting ( Python) - Bonne connaissance de unix (bash) - Connaissance en Système de Gestion de Bases de Données (MySQL) - Connaissance de R - Connaissance de l'outil Galaxy - Maîtrise de l'anglais technique - Dynamisme, autonomie, esprit d'initiative - Sens de l'organisation, rigueur et adaptabilité - Sens relationnel, esprit d'équipe CDI - A pourvoir immédiatement Rémunération : selon expérience. Dans le cadre de notre politique volontariste en faveur de l'insertion des personnes en situation de handicap, toutes les candidatures reçues sont étudiées à compétences égales.