The research project of the post-doc is to extend the analysis of the datasets produced by lens-free video microscopy. The post-doc will assist our partner in conducting the experimentations and will develop the necessary algorithms to reconstruct the images of the cell culture in different conditions. In particular, we will challenge the holographic reconstruction algorithms with the possibility to quantify the optical path difference (i.e. the refractive index multiplied by the thickness). Existing algorithms allow to quantify isolated cells. They will be further developed and assessed to quantify the formation of cell stacking in all three dimensions. These algorithms will have no Z-sectioning ability as e.g. confocal microscopy, only the optical path thickness will be measured.

Le projet de recherche du post-doc est d'étendre l'analyse des ensembles de données produites par la microscopie vidéo sans lentille. Le post-doc assistera notre partenaire dans la conduite des expérimentations et développera les algorithmes nécessaires pour reconstruire les images de la culture cellulaire dans différentes conditions. En particulier, les algorithmes de reconstruction holographique devront être à même de quantifier sur des échantillons cellulaires la différence de chemin optique (c'est-à-dire l'indice de réfraction multiplié par l'épaisseur). Les algorithmes existants permettent de quantifier les cellules isolées. Ils seront développés et évalués pour quantifier la formation de l'empilement cellulaire dans les trois dimensions. Ces algorithmes n'auront aucune capacité de sectionnement en Z comme par exemple la microscopie confocale, seule l'épaisseur du chemin optique sera mesurée