Description de l'offre

Informations générales

Entité de rattachement

Le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) est un organisme public de recherche.

Acteur majeur de la recherche, du développement et de l'innovation, le CEA intervient dans le cadre de ses quatre missions :
. la défense et la sécurité
. l'énergie nucléaire (fission et fusion)
. la recherche technologique pour l'industrie
. la recherche fondamentale (sciences de la matière et sciences de la vie).

Avec ses 16000 salariés -techniciens, ingénieurs, chercheurs, et personnel en soutien à la recherche- le CEA participe à de nombreux projets de collaboration aux côtés de ses partenaires académiques et industriels.

Référence

2019-10792

Description de la Direction

Le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) est un organisme public de recherche. Acteur majeur de la recherche, du développement et de l'innovation, le CEA intervient dans le cadre de ses quatre missions :
 la défense et la sécurité
 l'énergie nucléaire (fission et fusion)
 la recherche technologique pour l'industrie. la recherche fondamentale (sciences de la matière et sciences de la vie).
Avec ses 16000 salariés le CEA participe à de nombreux projets de collaboration aux côtés de ses partenaires académiques et industriels.

Description de l'unité

NeuroSpin est un centre international de recherche en imagerie cérébrale situé sur le campus de l'Université Paris-­‐Saclay. Il dépend de l'Institut JOLIOT.
(http://joliot.cea.fr/drf/joliot/Pages/Entites_de_recherche/NeuroSpin.aspx).

L'objectif de NeuroSpin est de repousser les limites actuelles de l'imagerie cérébrale par IRM/SRM à ultra-­‐haut champ (UHF), et de l'imagerie MEG/EEG afin d'élucider la structure et le fonctionnement du cerveau sain et malade, à tous les âges.
NeuroSpin est dirigé par Stanislas Dehaene, Membre de l'Académie des Sciences. Il rassemble 180 chercheurs dans trois domaines principaux : Recherche en IRM et neuro-­‐informatique, neuroimagerie cognitive et imagerie clinique et translationnelle.
NeuroSpin est équipé de deux IRM corps entier 3T et 7T de pointe et de 3 IRM précliniques à 7T, 11,7T et 17T. Un système 11.7T corps entier, première mondiale, est en cours d'installation. Des systèmes MEG à 306 canaux, EEG à 256 canaux sont également disponibles. Une installation clinique permet de mener des protocoles de recherche avec des volontaires humains de tous âges (patients et témoins sains), avec 8 lits de jour, des salles d'examen, une installation de soins infirmiers, un faux scanner. Une installation préclinique (rongeurs et primates), et des plateformes pour l'électronique, la mécanique, la chimie, l'histologie et la culture cellulaire, complètent l'installation.

Description du poste

Domaine

Recherche biomédicale, clinique, préclinique

Contrat

CDI

Intitulé de l'offre

Ingénieur en charge du développement d'une plateforme de la cytoarchitecture du cerveau H/F

Statut du poste

Cadre

Description de l'offre

Les équipes méthodologiques de NeuroSpin développent depuis plus d’une décennie des méthodes d’imagerie par résonance magnétique de la microstructure du tissu cérébral. Ces méthodes permettent à partir de données d’IRM de diffusion et quantitatives de cartographier de manière non invasive l’organisation cellulaire des diverses régions du cerveau et d’en étudier la variabilité entre régions ou entres individus. Etre en mesure de réaliser ces cartographies in vivo suscite l’intérêt des neuroscientifiques tant du point de vue fondamental que du point de vue clinique. En effet, être en mesure de caractériser in vivo la cytoarchitecture du cortex cérébral devrait permettre de mieux comprendre les corrélats entre substrat anatomique et fonctions cérébrales, et ainsi mieux appréhender les origines de la variabilité de ces fonctions entre les individus, et ainsi élaborer de nouveaux atlas des aires cytoarchitectonies a la surface du cortex. En outre, être en mesure de caractériser in vivo l’organisation cellulaire du tissu cérébral constitue aussi une avancée importante qui peut être exploitée en recherche clinique pour mieux identifier les modifications du tissu intervenant a l’échelle cellulaire au cours du développement des pathologies cérébrales.

L’équipe en charge de ce programme de recherche transversal Cyto In Vivo développe actuellement une infrastructure de type webservice qui est requise car faisant appel a des simulations numériques a très large échelle nécessitant du calcul à haute performance réalisé au sein du Très Grand Centre de Calcul (TGCC, Bruyeres-le-Chatel), et à des techniques de machine learning pour apprendre la signature IRM de multiples environnements cellulaires pour ensuite être en mesure de les reconnaitre, afin de mettre a disposition de la plateforme d’imagerie de NeuroSpin un service unique de cartographie in vivo de la cytoarchitecture du cerveau humain.

Profil recherché

Profil du candidat

Le poste d'ingénieur(e), en CDI, a donc pour objectif de contribuer au développement de cette plateforme d'imagerie de la cytoarchitecture du cerveau humain qui s'articule autour de plusieurs missions:
- le développement de protocoles d'imagerie par résonance magnétique de la microstructure sur la plateforme de neuroimagerie de NeuroSpin
- le pilotage de campagnes de simulations à très large échelle au sein du TGCC (Bruyères-le-Châtel) pour constituer des dictionnaires réalistes de tissus virtuels représentatifs du tissu cérébral et de leurs signatures en IRM à l'aide du simulateur MEDUSA développée au sein de l'équipe
- le développement de méthodes d'analyse de la cytoarchitecture du tissu cérébral (cortex et substance blanche) à l'aide d'outils de machine learning permettant d'en extraire des cartographies individuelles
- la gestion et l'intégration des outils développés dans l'équipe afin de les pérenniser à travers un webservice qui sera mis à disposition dans le cadre de l'infrastructure en cours de montage en étroite collaboration avec le TGCC
- la formation et le support aux utilisateurs de cette future plateforme
- l'encadrement des stagiaires et l'encadrement technique des doctorants.
L'ingénieur(e) (H/F) travaillera au contact direct avec les physiciens de l'UNIRS, les experts en traitement du signal et des images de l'UNATI, et sera amené à interagir avec les utilisateurs cliniciens (UNIACT) ou cogniticiens (UNICOG) du département NeuroSpin.

Nous recherchons un candidat qui détient un diplôme d'ingénieur (ou équivalent), une thèse de sciences dans le domaine serait appréciée.
Expérience solide en physique de l'IRM à haut et très haut champ (de 3T à 11.7T):
◦ dans le domaine de la neuroimagerie et des neurosciences clinique et cognitive, en IRM de diffusion et quantitative si possible
◦ programmation de protocoles d'imagerie dans les environnements Bruker et IDEA
 Expérience solide en développement logiciel:
◦ maîtrise de l'architecture logicielle orientée objet
◦ maîtrise des langages C++ et Python
◦ maîtrise des outils de versionnage (Git, …)
◦ maîtrise des technologies pour le développement de webservices
 Expertise en traitement du signal et des images:
◦ outils standard de la neuroimagerie (BrainVISA, Freesurfer, Connectomist, ) pour le développement d'outils d'analyse des données d'IRM de diffusion et quantitative
◦ parallélisation et calcul à haute performance (HPC) pour le déploiement du futur webservice sur supercalculateurs
◦ connaissances en machine learning (scikit-learn, …)
 Capacité à interagir avec les diverses communautés présentes à NeuroSpin
(méthodologistes, biologistes, cliniciens, …)
 Maîtrise de l'anglais oral et écrit.
 Autonomie et goût pour le travail en équipe