Ingénieur Bioinformatique H/F
CDI Fontenay-aux-Roses (Hauts-de-Seine) Développement informatique
Description de l'offre
Détail de l'offre
Informations générales
Entité de rattachement
Le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) est un organisme public de recherche.Acteur majeur de la recherche, du développement et de l'innovation, le CEA intervient dans le cadre de ses quatre missions :
. la défense et la sécurité
. l'énergie nucléaire (fission et fusion)
. la recherche technologique pour l'industrie
. la recherche fondamentale (sciences de la matière et sciences de la vie).
Avec ses 16000 salariés -techniciens, ingénieurs, chercheurs, et personnel en soutien à la recherche- le CEA participe à de nombreux projets de collaboration aux côtés de ses partenaires académiques et industriels.
Référence
2019-8252Description de l'unité
Le Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG 2025) est un plan national piloté et soutenu par l'État. Il vise à positionner la France dans le peloton de tête des grands pays engagés dans la médecine génomique. Il est mis en œuvre par l'Alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé (Aviesan) qui regroupe les principaux acteurs de la recherche publique en biologie et santé (CEA, CHRU, CNRS, CPU, INRA, Inria, Inserm, Institut Pasteur, IRD).
Le PFMG 2025 vise à déployer les instruments du parcours de soins génomique. Il s'articule autour de trois grands objets :
• un réseau de douze plateformes de séquençage à visée sanitaire couvrant l'ensemble du territoire français. Les deux premières plateformes de séquençage, SeqOIA (Ile de France) et AURAGEN (Auvergne Rhône-Alpes) sont entrées en fonction en décembre 2018 et atteindront leurs objectifs cibles fin 2019. Les plateformes de séquençage suivantes seront choisies à partir de 2020.
• un Collecteur analyseur de données (CAD) mettant en place les outils pour exploiter les volumes de données générées.
• un Centre de référence, d'innovation, d'expertise et de transfert (CRefIX) permettant d'assurer les développements technologiques indispensables à la mise en œuvre du parcours.
Le CRefIX est une Unité Mixte de Service (UMS) entre l'Inserm, le CEA et l'Inria. Il est piloté par le directeur du Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) Jean-François Deleuze, pour le CEA et Alain Viari pour l'Inria.
Description du poste
Domaine
Mathématiques, information scientifique, logiciel
Contrat
CDD
Intitulé de l'offre
Ingénieur Bioinformatique H/F
Statut du poste
Cadre
Durée du contrat (en mois)
12 à 36
Description de l'offre
Le CRefIX vous propose de mettre en œuvre et d'organiser la veille technologique sur les procédure informatiques et bioinformatiques à déployer sur les plateformes de séquençage et sur le CAD. Vous évoluerez au sein d'équipes bioinformatiques et les accompagnerez dans l’organisation du transfert de connaissances vers les plateformes de séquençage du PFMG2025. Vous deviendrez un référent technique du CRefIX pour les choix d’implémentation ou d’optimisation de solutions de traitement informatiques et bioinformatiques.
De manière plus spécifique, vous serez en charge de :
la veille technologique dans le domaine du traitement de données issues de la génomique et transcriptomique ;
la définition et la réalisation de benchmarks permettant d'évaluer et comparer les solutions logicielles ou matérielles (GPU, FPGA);
l'installation et la gestion de logiciels métiers (bioinformatiques) sur l'infrastructure du Crefix;
l'échange de connaissances avec les bioinformaticiens des plateformes et du CAD;
la rédaction de procédures d’exploitation normalisées (SOP) ;
la présentation des travaux auprès des comités d’évaluation et des plateformes de séquençage du PFMG2025 ;
Les activités du CRefIX sont localisées au CNRGH sur la Génopole d’Evry (91), 30 km au sud de Paris.
Profil recherché
Profil du candidat
Titulaires d'un doctorat ou d'un diplôme d'ingénieur, les candidat/e/s devront justifier d'une formation en informatique ou bioinformatique, suivie d'une expérience en analyse de données dans le domaine du NGS.
Compétences Requises
Aptitudes :
- rigueur et méthodologie ;
- attrait pour le travail rédactionnel ;
- aptitude à comprendre des problématiques scientifiques ;
- capacités à communiquer au sein d'équipes pluridisciplinaires ;
Connaissances techniques :
- bonne connaissance du domaine du génie logiciel et de la bioinformatique ;
- bonne connaissance des outils Unix et des outils de traitement de données NGS;
- bon niveau d'anglais.