STAGE - Ingénieur(e) Recherche - 3D surface extraction from DICOM images - Dassault Systèmes - Vélizy-Villacoublay

Description de l'offre

Contexte & Présentation d'équipe

L'organisation « BioSphere Research » de Dassault Systèmes réalise une veille scientifique et technologique permanente et réalise des prototypes logiciels pour évaluer l'applicabilité de nouvelles technologies et ou connaissances scientifiques. Ce service doit assurer à tout moment un haut niveau de compétences dans tous les domaines technologiques, biologiques et biomédicaux de l'entreprise, et doit préparer ses éventuelles diversifications et acquisitions.

Rôle & Objectif

Les images issues des appareils d’IRM (Imagerie par résonance magnétique) sont des images volumiques qui donnent des indications sur les différents tissus, organes ou sous-organes par des représentations en niveaux de gris. Pour certaines analyses plus fines ou pour de l’impression 3D, il peut être utile de segmenter ces images pour reconstruire les surfaces qui limitent les tissus, organes, ou sous-organes. Par exemple, obtenir la surface d’un tibia pour une fabrication de prothèse de hanche, ou obtenir la surface d’un cerveau pour comparer l’évolution de certaines aires fonctionnelles au cours du temps.
Dans le cadre de ce stage, vous recenserez les algorithmes existants de segmentation d’images IRM 3D, avec un accent particulier sur les images cérébrales. Puis, vous réaliserez l’implémentation logicielle d’un ou plusieurs de ces algorithmes, sur architecture classique (PC) ou sur carte graphique (GP-GPU). Enfin, le composant résultant de ce développement logiciel sera intégré à une infrastructure de workflow existante, de manière à alimenter l’analyse de surface située en aval.

Références :
Dale, A.M., Fischl, B., Sereno, M.I., 1999. Cortical surface-based analysis. I. Segmentation and surface reconstruction. Neuroimage 9, 179-194.
MacDonald, D., Kabani, N., Avis, D., & Evans, A. C. (2000). Automated 3-D extraction of inner and outer surfaces of cerebral cortex from MRI. NeuroImage, 12(3), 340-356.

Etudiant(e) en Ecole d'Ingénieurs ou Master universitaire, vous préparez un diplôme de niveau Bac+5.
Vous vous spécialisez en Développement Logiciel et/ou Traitement d’images 3D et/ou Analyse mathématique et géométrique et/ou Neuroanatomie Computationnelle.

Stage obligatoire de validation de cursus, sous convention de stage.
Durée 6 mois maximum, à débuter dès Février 2018

Compétences techniques requises

• Programmation Python ou C/C++
• Modélisation géométrique 3D (Mesh)
• Traitement d’images médicales, formats IRM...

Compétences techniques souhaitées

Votre candidature aura un atout supplémentaire si vous disposez d’une :
• Exposition antérieure au logiciel Freesurfer
• Exposition antérieure à des algorithmes d’extraction de surfaces
• Familiarité avec la programmation Web, en particulier WebGL.
• Notion de programmation sur GPU (CUDA, OpenCL…)

Qualités professionnelles requises

• Créativité et esprit collaboratif dans l’échange d’idées avec les autres membres du département BioSphere Research
• Autonomie et force de propositions pour la mise en œuvre du prototype
• Rigueur et autonomie dans votre conduite technique du stage
• Pédagogie dans la présentation et l'explication des résultats du stage
• Vous êtes motivé(e) par un engagement professionnel à long-terme autour de la neurologie, de la neuroimagerie, de l’anatomie computationnelle, du développement logiciel et des technologies informatiques de diagnostic médical