STAGE- Ingénieur(e) Modeling & Simulation (H/F)-Etudes bibliographiques mathématiques, analyse, prototypage - Dassault Systèmes - Vélizy-Villacoublay

Description de l'offre

Présentation de l'équipe :

Vous travaillerez au sein d'une équipe développant des outils de simulation et d'analyse en biologie des systèmes. L'équipe pluridisciplinaire comporte des informaticiens, des biologistes, et un mathématicien. Ces outils ont vocation à s'intégrer dans la palette de logiciels utilisés par les laboratoires pharmaceutiques pour développer des médicaments.

Votre mission :

Depuis quelques années, de plus en plus d’équipes de recherche, au sein de laboratoires académiques ou de compagnies pharmaceutiques, se tournent vers la biologie des systèmes afin d’essayer d’intégrer la complexité inhérente au vivant. Disposer de modèles biochimiques précis et prédictifs permet dans une certaine mesure de faciliter la recherche de médicaments, en lançant des simulations et diverses tâches d’analyse pour essayer de comprendre la dynamique du système, prévoir l’efficacité ou la toxicité d’une molécule, optimiser les doses etc. Mais la réalisation de modèles dynamiques décrivant les complexes interactions chimiques à l’œuvre au sein des cellules est une tâche difficile. Sans elle pourtant, pas de simulations. On comprend alors l’enjeu lié au développement d’outils d’aide à la modélisation. Un modèle d’interactions chimiques peut être vu comme le choix de la topologie du graphe décrivant les interactions chimiques et celui des lois de comportement pour ces mêmes interactions. Le plus souvent, ces modèles sont construits à la main à partir des connaissances des experts ou de modèles préexistants, et des calibrations sont effectuées afin d’essayer de trouver les paramètres du modèle permettant de se rapprocher d’un ensemble d’observations expérimentales, qui sont malheureusement rares, peu précises, et difficiles à réaliser. L’utilisation de réseaux booléens, dans lesquels les différentes variables ne peuvent prendre que deux états, actif ou inactif, permet dans une certaine mesure de simplifier cette construction de modèles, au prix d’une perte en précision dans la simulation des phénomènes. Mais même dans ce cadre, construire un modèle satisfaisant un certain ensemble de contraintes et capable de reproduire un certain nombre de « faits stylisés » demeure une tâche difficile, en particulier pour de gros modèles où la malédiction combinatoire de la dimension reste un écueil redoutable. Depuis quelques années, des algorithmes commencent à être mis en œuvre afin de faciliter cette tâche. L’objet de ce stage est précisément d’effectuer une étude bibliographique sur ce sujet, puis de développer un prototype en C++, et d’évaluer son intérêt dans le développement de modèles, en comparant ses résultats à divers résultats publiés récemment concernant des modèles réalistes.

Profil:

Etudiant(e) préparant un diplôme de niveau Bac+ 5, Ecole d’ingénieurs ou Master universitaire

Spécialités/Options souhaitées : Mathématiques/ Informatique

Compétences professionnelles souhaitées :

Vous avez un profil avec une forte composante mathématique, un goût pour leur application à des problèmes concrets et variés, ainsi que des connaissances en programmation objet.

Qualités professionnelles souhaitées :

L’autonomie et l’esprit d’initiative seront des qualités appréciées.