Annthomy Gilles - WIZBII Annthomy Gilles a publié son profil professionnel sur WIZBII. A G

Annthomy Gilles

Ingénieur en Bioinformatique - Data analyst

32 ans • Lyon

Résumé

Après une licence et un Master axés sur les sciences de la santé et les biotechnologies, j'ai été particulièrement intéressé par la bioinformatique. Après plus de 2 années d'expérience , j'ai acquis une double compétence en analyse de données biologiques et en développement informatique. Cette expérience acquise, je suis désormais particulièrement intéressé par l'analyse de données transcriptomiques et métagénomiques, le développement de workflow d'analyse à haute valeur ajoutée. A terme, Je suis convaincu que ma double compétence m'apportera une vision encore plus aboutie de la recherche.

Compétences

PythonRbashShelljavascriptbioinformatiqueanalyse de donnéesstatistiques

Expériences

Ingénieur en bioinformatique (Alternance)

- Développement informatiqueAnalyse de données métagénomiques et développement d’outils de diagnostic moléculaire: - Worflow d'analyse métagénomique - Analyse différentielle d'abondance - Evaluation et optimisation de base de données de séquences - Développement de workflow d'analyse de données issues de la technologie Nanopore. - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Mots-clés : Métagénomique, Analyse différentielle d'abondance, Statistique, Apprentissage . Outils/modules informatiques* : Git, MongoDB, Pymongo,Bootstrap. Langages* : Python, R, Bash, HTML5/CSS3, Javascript. *Liste non exhaustive

Stage Ingénieur Bioinformatique

- Développement informatiqueLe séquençage de nouvelle génération (NGS) a révolutionné le décryptage de l’ADN et la recherche en matière de génomique et d’épigénétique. La puissance de cette technologie permet par exemple d’analyser en routine l’intégralité du génome d’un individu dans des temps records et à des coûts abordables. Le NGS est non seulement porteur d’espoir pour l’identification de nouveaux biomarqueurs de maladies, mais rend aussi possible l’analyse de ces marqueurs au chevet du patient. Au cours de ce stage, j'ai été amené à développer: - Un pipeline complet d'analyse différentielle d'expression de gène en utilisant principalement Bash, R, les packages Bioconductor et les outils bioinformatiques d'analyse de données NGS. - Un pipeline de détection de variants basé sur les outils GATK et Picard. Ces deux pipelines utilisent les données brutes de séquençage et produisent une liste de gènes différentiellement abondants ou une liste de variants ainsi que des outils de visualisation de haute qualité. ----------------------------- Keywords: Eg. a)Differential gene expression combined with variant calling from RNAseq data; b) Differential gene expression combined with motif analysis on RNAs of interest as well as motif analysis of promoter regions; c) StringTie-DeSEQ2-DAVID pipe. The applicant is expected to develop such pipelines with a great degree of autonomy. Publication of the pipelines will be done through public repositories and if appropriate peer-reviewed publications without the exposure of in-house data. Methods and tools to be used during the internship: Bash, Python, R, Tuxedo suite, DeSEQ2, MEME suite, GATK,Picards-tools,Stringtie,Go enrichment, Variant calling, differential expression.

Stage Ingénieur

- Chimie / Biologie / AgronomieCaractérisation de facteurs de virulence pour le développement d’un vaccin à large spectre contre une bactérie pathogène du chien - Génération d'une banque de mutants - Caractérisation des mutants (Cytométrie en flux, PCR, microscopie) - Optimisation du protocole d'analyse par cytométrie en flux - Caractérisation de l'immunogénicité d'une sélection de protéines candidates (Western blot, immunofluorescence) Projet réalisé en partenariat avec Calixar (69), Genostar (38), PX'The rapeutics(38), VetagroSup (69) et Institut Pasteur (75) ----------------------------------------- Mots-clés: Culture cellulaire, Cytométrie en flux, Immunofluorescence, Génie génétique,Northern et Western blot,Microscopie à fluorescence,PCR.

Stage biologie

- Chimie / Biologie / AgronomieCette étude est consacrée à une compréhension approfondie des interactions biologiques de nanoparticules d’oxyde de fer de type maghémite γFE2O3 sur un modèle marin présent dans l’environnement et maitrisé dans les études pharmacologiques : le Paracentrotus Lividus, une espèce d’oursin.

Formations

Master Bioinformatique Modélisation et Statistiques- Université de Rouen

2015 - 2018 ประเทศไทยDéveloppement informatique, Chimie / Biologie / AgronomieFormation en alternance sur 3 ans (bac +6) Celle-ci se veut pluridisciplinaire et repose sur trois domaines clés (biologie, informatique et statistiques) dans le but de former des ingénieurs polyvalents capables de pouvoir analyser et traiter les données massives issues des sciences omiques par l'utilisation, la conception et le développement de méthodes algorithmiques, de modèles statistiques et d'applications logicielles. Les 3 années du master correspondent à 1 an de formation et 2 années effectives d'expérience professionnelle

Master Recherche et ingénierie en biologie santé- Université De Poitiers

2013 - 2015 Poitiers, France, PoitiersChimie / Biologie / AgronomieL’objectif de la formation est de fournir aux diplômés des connaissances théoriques et méthodologiques, leur permettant de participer à la recherche fondamentale et/ou appliquée en biochimie, biologie moléculaire, biologie cellulaire, immunologie,microbiologie, neurobiologie, physiologie, pharmacologie, épidémiologie ainsi qu’en informatique appliquée aux biotechnologies et à la biologie de la santé.

Licence Biochimie - Biologie- Université des Antilles et de la Guyane

2010 - 2013 Pointe-a-Pitre, Guadeloupe, Pointe-a-PitreChimie / Biologie / AgronomieFormation continue sur 3 ans (bac +3) Celle-ci propose une formation générale en biologie humaine (biochimie, biologie cellulaire et moléculaire, génétique, anatomie, physiologie, microbiologie, immunologie, chimie organique) avec des ouvertures et approfondissements en : -Sciences de la Santé (bioinformatique, biophysique, métabolisme, cancers et maladies tropicales, biotechnologie, biomathématiques) -Sciences de l'Alimentation (biochimie des aliments, biotechnologies alimentaires, réglementation-assurance-qualité, agro-alimentaire, analyse sensorielle)

Mes qualités

Créatif·ve
Esprit d'analyse
Esprit d'équipe
Innovant·e

Langues parlées

  • Français

    Langue maternelle

  • Anglais

    Professionnel

Ma présence sur internet

Faire de chaque avenir une réussite.
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