Ingénieur Bio-Informatique F/H (Recherche/Ingénieur - Chargé de Recherche)

Description de l'offre

Métier : Recherche/Ingénieur - Chargé de Recherche

Contrat : CDD

Description du poste :

La plateforme SITI (Suivi Immunologique des Thérapeutiques Innovantes) est un laboratoire regroupant les compétences techniques, scientifiques et médicales permettant le développement et la mise en œuvre des stratégies biologiques innovantes nécessaires au développement de projets cliniques ou de recherche translationnelle dans les domaines liés à l'immunologie. Il s'agit d'une structure mixte EFS/CHU, localisé au sein du CHU Pontchaillou à Rennes. Ses objectifs sont d'accompagner les projets thérapeutiques innovants en cancérologie et hors cancérologie via la mise en place de nouvelles stratégies biologiques de caractérisation et de suivi des patients, indispensables pour comprendre les mécanismes d'action des nouvelles approches thérapeutiques et développer de nouveaux protocoles cliniques pertinents adaptés aux caractéristiques clinico-biologiques de chaque patient (médecine personnalisée). Le financement du présent poste a été obtenu dans le cadre de l'implication du SITI dans l'Infrastructure de Recherche Nationale en Santé eCellFrance.
Le SITI est associé à l'unité INSERM U1236 MICMAC (microenvironnement, cell differentiation, immunology and cancer), unité mixte associant l'université de Rennes 1, l'INSERM et l'EFS, fortement adossée au CHU de Rennes, dont le projet de recherche est focalisé sur la physiopathologie des lymphomes B.

Description de la mission :
• Réaliser l'exploration, l'analyse et le traitement de données à haute dimension notamment de type CyTOF et RNAseq (bulk et single cell)
• Développer des scripts automatiques et optimisés d'analyse multiparamétrique pour l'analyse de données protéiques (CyTOF, cytométrie de flux).
• Réaliser l'intégration des données clinico-biologiques afin d'identifier les biomarqueurs potentiels du diagnostic d'une maladie et/ou de la réponse à un traitement thérapeutique.
• Développer des scripts et des pipelines d'analyse pouvant être utilisés dans le cadre de différents protocoles biologiques.
• Mettre en place et organiser la mise en forme et le stockage des données/résultats à court-moyen terme.
• Valoriser les résultats sous forme de rapports d'études à l'usage des porteurs de projets
• Conseiller et former aux techniques et outils mis en place
• Assurer une veille technologique sur l'analyse de données protéiques et d'ARN
• Etre un participant actif à la cellule bioinformatique de la structure
• Participer aux réunions de la structure, et à des réseaux professionnels dans son domaine d'activité
• Interagir avec les chercheurs, scientifiques, ingénieurs et techniciens du SITI et de l'unité de recherche U1236 MICMAC dans un esprit collaboratif
• Interagir et collaborer avec les autres partenaires extérieurs de la structure


Titulaire a minima d'un M2 en bio-informatique avec au moins une expérience d'un an en analyse multiparamétrique (M2 non inclus)

Compétences
• Etre expert en bioinformatique, notamment en analyse de données multiparamétriques générées en cytométrie de masse, cytométrie de flux, et en RNA-seq
• Avoir une forte compétence dans les outils statistiques d'analyse "classiques"
• Avoir des connaissances en biologie, notamment en immunologie serait un plus
• Maîtriser l'anglais scientifique, pour dialoguer en anglais avec des chercheurs étrangers.

Savoir-faire opérationnels
• Maîtrise des langages de programmation (R +/- Python) et de systèmes d'exploitations (linux).

Savoir-être
• Avoir un bon relationnel, un esprit d'équipe et le sens de l'écoute
• Etre intéressé pour travailler sur des projets de recherche translationnelle et/ou fondamental ayant des applications en santé humaine
• Etre rigoureux et autonome
• Savoir organiser et hiérarchiser les priorités

Pièces à fournir lors de votre candidature :
- CV
- Lettre de motivation
- Une lettre de recommandation avec référence

Lieu : Rennes

Niveau d'études min. requis : > Bac+5