Stagiaire en bioinformatique
- Chimie / Biologie / Agronomie Technicienne stagiaire au sein du laboratoire de chimie théorique : structure et réactivité des systèmes moléculaires complexes (SRSMC) dont l'une des thématiques de travail est la caractérisation des mécanismes de compactage de l'ADN par le biais de la dynamique moléculaire.
OBJECTIF DU STAGE : Mettre en évidence le comportement et le mode de reconnaissance de la protéine HU issu de Staphylococcus aureus vis-à-vis de l'ADN lésé.
La dynamique moléculaire est une technique qui permet d’étudier le comportement de systèmes biologiques en extrayant leur trajectoire dans un milieu donné par assistance informatique; ce qui nécessite une utilisation du langage codé qui lui est inhérent (BASH).
Dans les cellules eucaryotes comme procaryotes, l'ADN doit adopter une conformation compatible avec la taille des cellules, c'est pourquoi on le retrouve à un degré de condensation élevé autour de noyaux protéiques tels que les histones chez les eucaryotes ou encore associé à des NAP's (nucleoide associated protein) chez les procaryotes.
HU est la protéine de liaison à l'ADN bactérien la plus abondante ; elle est classée comme une protéine de type histone, en raison des propriétés qu’elle partage avec les histones eucaryotes : elle participe en effet au maintien du niveau de superhélicité du chromosome bactérien au sein du nucleoïde et intervient d’autre part dans la réplication, la transcription, la recombinaison et la réparation de l'ADN.
En 2000, Kamashev et Rouvière- Yaniv ont proposé un modèle de la reconnaissance des ADN double brin comportant une coupure simple brin ou une extrémité 3’ sortant par la protéine HU (Kamashev et Rouvière-Yaniv, 2000). Les résultats de cette étude montrent que la protéine HU reconnaît une partie de l’ADN double brin à l’aide de la pince formée par des brins β et une partie double brin ou simple brin à l’aide du « corps » composé d’hélices.
A partir de ces connaissances nous avons tenté de répondre à l'objectif énoncé plus haut.